Z/X: Код воссоединения

После продолжительной войны между человечеством и зексами, существами, пришедшими в наш мир из пяти параллельных, устанавливается хлипкое перемирие. На этот раз судьба миров лежит на плечах маленькой болезненной девочки Адзуми Кагамихары и её партнёра — хладнокровного зекса из Голубого Мира по имени Ригель. Но прежде Адзуми предстоит отучиться в Академии Фудзимисаки, специальной школе, построенной для подготовки подобных пар, состоящих из человека и зекса. После поступления Адзуми знакомится с другими девочками и вместе они ступают на путь усердных тренировок в Академии.